Ilmajäähdyttimessä käytetty moottorityyppi on yksi vaikutusvaltaisimmista tekijöistä melun ja tärinän tasojen määrittämisessä. Useimmat ilmajäähdyttimet käyttävät induktiomoottoreita niiden tehokkuuden, pitkäikäisyyden ja suhteellisen hiljaisen toiminnan vuoksi. Toisin kuin yleismaailmalliset moottorit tai harjatut tasavirtamoottorit, jotka aiheuttavat enemmän melua johtuen niiden suuremmasta nopeudesta ja kitkan aiheuttamista harjoista, induktiomoottorit toimivat pienemmillä nopeuksilla ja niissä ei ole harjan kitkaa, vähentäen sekä mekaanista melua että tärinää. Moottorin rakennuslaatu - kuten tarkkuus, jolla roottori ja staattori on suunniteltu - vaikuttaa sen käyttöä. Laadukkaat materiaalit, kuten kuparikäätimet ja korkealaatuiset teräkset moottorin komponenteissa, vähentävät sisäistä kitkaa ja resonanssimelun mahdollisuuksia, jolloin moottori voi toimia hiljaa ja tehokkaasti. Sitä vastoin halvemmat, huonosti valmistetut moottorit voivat aiheuttaa liiallista melua epätasaisista tai epätarkkoista komponenteista johtuen, jotka aiheuttavat moottorin toiminnan vähemmän sujuvasti.
Moottori tulisi kiinnittää turvallisesti ilmajäähdyttimen runkoon, mutta on yhtä tärkeää, että se on eristetty ympäröivästä kotelosta estääkseen värähtelyjä kulkemaan yksikön läpi. Kumi- tai silikonikomentien ja iskunvaimentimien käyttö on yleistä ilmajäähdyttimissä moottorin erottamiseksi muusta järjestelmästä. Tämä auttaa vähentämään värähtelyä, vähentämällä melun voimansiirtoa moottorista ulkokuorelle ja minimoi mekaanisen resonanssin mahdollisuuden. Moottorin eristys-kuten äänen vaimentavat materiaalit tai vaahtovuorattuja koteloita moottorin ympärillä-voivat absorboida ääniaaltoja, jotka muuten kaikuvat yksikön läpi, vähentäen edelleen melutasoja. Mitä hiljaisempi moottori, sitä vähemmän ilmajäähdytin myötävaikuttaa ei-toivottuihin häiriöihin, mikä tekee siitä paremmin meluherkkiin ympäristöihin.
Nopeudenhallintamekanismit ilmajäähdyttimen moottori vaikuttaa merkittävästi sen melutasoon. Ilmajäähdyttimet, joilla on säädettävät tuulettimen nopeudet tai muuttuvan nopeuden moottorit, antavat moottorin ajaa hiljaisemmin pienemmillä nopeuksilla, etenkin kun suurinta jäähdytyskykyä ei vaadita. Harjaton DC-moottorit (BLDC) soveltuvat erityisen hyvin tähän, koska ne tarjoavat erittäin tehokasta, sileää ja hiljaista käyttöä monilla nopeuksilla. Muuttuvan nopeuden säätimet antavat moottorin säätää lähtöä lämpötilan tai halutun ilmavirran perusteella vähentäen melutasoa vähemmän vaativina aikoina. Toisaalta ilmanjäähdyttimet, joilla on yhden nopeuden moottorit, tai rajoitetun nopeuden säätöllä on taipumus kulkea suurimmalla nopeudella koko ajan, mikä tuottaa enemmän melua. Tarjoamalla joustavuutta moottorin ajamiseen pienemmällä nopeudella tietyissä olosuhteissa, valmistajat voivat luoda hiljaa käyttäviä ilmajäähdyttimiä, etenkin tiloissa, joissa vähentynyt melu on ensisijainen tavoite.
Moottori toimii samanaikaisesti tuulettimen terien kanssa, ja niiden suunnittelu on kriittistä sekä ilmavirran ja melun hallitsemiseksi. Ilmajäähdyttimen moottorit ovat tyypillisesti kytkettynä tuulettimiin, jotka liikuttavat suuria ilmamääriä jäähdytysvaikutusten tuottamiseksi. Näiden terien muoto, koko ja materiaali vaikuttavat moottorin tehokkaasti ja kuinka paljon melua tuotetaan. Aerodynaamisesti optimoidut tuulettimet, joissa on sileät käyrät, on suunniteltu vähentämään ilmaturbulenssia ja kitkaa, mikä puolestaan minimoi melun, joka syntyy, kun ilma kulkee tuulettimen läpi. Kun moottorin on työskenneltävä kovemmin liikkuakseen tehottomien tuulettimen terien läpi, se johtaa melun ja tärinän lisääntymiseen. Hyvin tasapainotetut tuulettimen terät ovat toinen tärkeä näkökohta, koska epätasapainoiset terät aiheuttavat epätasaista ilmavirtaa ja lisävärinää, mikä johtaa sekä moottorin meluun että potentiaaliseen fyysiseen stressiin itse moottorille.